Le réseau Natura 2000, constitué de l'ensemble des sites Natura 2000 en Europe, résulte de la mise en œuvre de deux directives européennes dans chaque pays membre:
- La directive 79/409/CEE du 2 avril 1979 dite "Directive Oiseaux": abrogée en 2009, elle concerne la conservation des oiseaux sauvages et des habitats nécessaires à leur reproduction et à leur survie. Elle liste, dans son annexe I, 193 espèces et sous-espèces menacées à l'échelle européenne qui nécessitent une attention particulière. Les sites désignés au titre de cette directive sont des Zones de Protection Spéciale (ZPS).
- La directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 "Directive Habitats – Faune - Flore": elle concerne la conservation des habitats naturels ainsi que des espèces végétales et animales, autres que les oiseaux, et de leurs habitats. Elle répertorie plus de 231 types d’habitats, 632 espèces animales et végétales présentant un intérêt communautaire et nécessitant une protection. Les sites désignés au titre de la Directive « Habitats – Faune – Flore » sont des Zones Spéciales de Conservation (ZSC).
Un site peut être désigné au titre de l'une ou l'autre de ces directives voire aux deux.